旗津早年称为旗後,是高雄发迹最早的地区,也是许多外国贸易商设置据点。当时,英国长老教会海外宣道会差派宣教师马雅各医生,来台湾宣教,当时由於人民排外仇教,在台湾传教困难重重,马雅各医生於是在通山街(高雄第一街)朝日铁工厂处租一间店面传道医病。1865年马雅各医生在旗津後山腰(高雄灯塔下的台湾机械厂修船坞处)买地兴建简易医馆、并设置礼拜堂,不仅是台湾第一个西医医馆,也是台湾基督长老教会第一间礼拜堂,当时称为「打狗礼拜堂」,基督教传教师就以旗後教会为根据地展开传教工作,国外商人都到此做礼拜,是旗後教会的前身。马雅各以精湛的外科技术为南部居民治好疟疾、眼疾等病痛,逐渐获得当地居民的信任,也开始接受基督教。教会现址历经风灾地震的滋扰,造成多处损害,涉及安全问题,2009年12月中旬拆除进行改建,在这段期间,教会将於当地先行租屋以做为教会会址,完工後,会以全新面貌继续为大家服务。