中埔研究中心肇始於日治時期明治四十一年，在嘉義埤子頭創設苗圃，從事橡膠樹之繁殖試驗，翌年十月復於山仔頂闢設試驗地，而後又在中埔庄(今之中埔鄉)之沄水溪沿岸開拓官有山林，從事各種橡膠樹類之造林及採膠試驗。明治四十四年為擴大試驗規模合併埤子頭、山仔頂及沄水等三試驗地，成立台灣省林業試驗場嘉義支場。大正十年改隸為中央研究所林業部嘉義試驗支所，設總辦公處於山仔頂，並實施柚木、鐵刀木、橡膠樹之造林試驗。後於昭和六年因業務需要遷移辦公處於沄水而改稱林業試驗所中埔支所，一九四五年二戰後，改稱台灣省林業試驗所中埔分所。民國八十二年為加強環境保護林之研究與推廣，設置四湖工作站專司海岸防風林之研究，並積極推動成為海岸林經營示範基地。民國八十八年配合政府組織調整，改隸為行政院農委會林業試驗所中埔分所其主要研究重點為加強海岸防風林之經營研究、落實植物園之經營管理、建立環境保護林育林及作業體系。