中埔研究中心肇始於民國前4年，臺灣總督府殖產局在嘉義埤子頭創設苗圃，從事橡膠樹之繁殖試驗，翌年十月復於山仔頂闢設試驗地，而後又在中埔庄(今之中埔鄉)之澐水溪沿岸開拓官有山林，從事橡膠樹類之造林及採膠試驗。民國前1年為擴大試驗規模，合併埤子頭、山仔頂及澐水等三試驗地成立臺灣總督府殖產局林業試驗場嘉義支場。民國10年改隸為中央研究所林業部嘉義試驗支所，設總辦公處於山仔頂，並實施柚木、鐵刀木、橡膠樹之造林試驗。民國20年因業務需要遷移辦公處於澐水並改稱林業試驗所中埔支所，民國34年臺灣光復後，改稱臺灣省林業試驗所中埔分所。民國82年為加強環境保護林之研究與推廣，設置四湖工作站專司海岸防風林之研究，並積極推動成為海岸林經營示範基地。民國88年政府組織調整，改隸為行政院農委會林業試驗所中埔分所，民國91年改稱中埔研究中心，民國93年8月將行政中心移至嘉義市「環境保護林研究中心」現址。轄屬據點分佈於嘉義縣、嘉義市與雲林縣境，包括澐水試驗林、嘉義樹木園、埤子頭植物園及四湖工作站。隨著時代的變遷，本中心的任務隨之調整以海岸林、都市林及工業區環境林之營造技術研究及發展，「環境保護林研究中心」並設置生態教育館展示相關主題，轄屬植物園提供解說服務，期能發揮植栽綠化對環境避害防災之保護效能及社會教育功能。