台灣割日後,清領時期開闢的舊運河日漸淤淺,日本人於大正十一年開始在頭鯤 、二鯤 之間挖運河,當時海關尚在安平:後來原供停泊海船的鹽水溪口亦漸淤淺,大船無法進入安平舊港,日本人在約昭和十年開闢安平港,昭和十四年起,船隻開始由安平進港直駛至現今中國城停泊,海關亦隨之遷到現今民生路、環河街口的運河轉角處。 二戰後,這座運河邊的海關變成財政部高雄關,專司檢查進港船隻。 舊運河時代,五條港的貨物都在安海港尾的安平第一橋附近,以由馬車運載上下船進出口,新運河開闢後,才改在海關附近運載貨物,而當時的馬車寮大多集中在鎮渡頭及海安宮附近,它的存在讓五條港區的商業又延長了數十年之久,海關牆外現仍留有一座「財政部高雄關界碑」。 這棟舊海關至少已有六、七十年的歷史,是目前西區保持相當完整的日治時代建築。早年運河船貨皆由此上岸,再以人力車、馬車運到五條港區,日本人開闢中正路亦係利用運河與根基已固的台灣商人爭商機。 現為財政部高雄關稅局台南支關安平辦公室。