謝金鑾《續修台灣志》:「在北大門外。…康熙27年,左營守備孟大志建。31年火,32年,僧幕眾重建,竹木花果甚盛。乾隆56年,里人修。」道光之後,民間傳說為府城「七寺八廟」之一。日治時,寺被毀,改為育苗試驗圃。縱貫鐵路開闢後,該處改為鐵路職員宿舍。乾隆年間,台灣知府蔣元樞就與黃檗寺僧有一段奇遇,據連雅堂的「台灣通史」宗教志云:「僧不之何許人也,逸其名,居寺中,絕勇力,能蹴庭中巨石,躍去數丈。…」 (資料來源:府城多奇廟)明治33年(1899年)將部分荒廢的黃檗寺拆除,闢建日本陸軍衛戍醫院(前804總院),今