开元寺占地辽阔,环境清幽,新旧殿宇栉比鳞次为台湾最具历史之古刹。目前寺庙除山门外,计分三进。前殿为弥勒殿,主祀弥勒佛,左右配祀四大天王。正殿为大雄宝殿,供奉释迦佛。左侧旁祀郑成功夫妇神位,两侧并四十八罗汉。後殿为大士殿,主祀牵手观音菩萨。寺内有名井一口,称为(郑经井)。寺後种(七弦竹)一丛,为郑经母亲董氏手植。此外,在功德堂内,还保存不少郑经时期的古物,这些对於开元寺而言,都是具有相当深刻的意义。「始建海会寺记」,则是康熙年间将「北园别馆」改为「海会寺」时所立,碑上有王化行撰文;原碑被水淹没,此碑为1955年仿古复刻。此外,还有嘉庆元年的「新修海靖寺碑记」,也是重要史料。