开基灵佑宫建於西元1665年,主祀玄天上帝,庙内有一尊全台唯一的金面玄天上帝神像,因为建庙时期最早,所以有着开基之名,但因规模与民权路的北极殿相比较小,所以也有着小上帝庙之称,因历史悠久几经改建及二战损坏,现今庙宇的座向曾在日治时期改变,其改变座向的痕迹现今仍保留现地展示。 与祭祀玄天上帝的庙宇相同,因玄天上帝代表北方之神,北方属水,水属黑,灵佑宫内就采用大量的黑柱红梁,此外,庙宇内彩绘石雕有不少府城名师的作品,正殿内的「三十六官将」壁画就是蔡草如的作品,其余还有名师潘岳雄及陈寿彝的作品在灵佑宫内,都非常珍贵。 另外较为人所熟知的还有许丙丁所着的台语神怪小说「小封神」就是由开基灵佑宫为故事的主轴,是一座传奇色彩浓厚的庙宇。