台湾府城在清雍正三年(西元1735年)筑造木栅城时,南门段的范围为:木栅由大东门往南围筑,内包山川坛後,折向东南,设一座小南门,再转正南,到了府学文庙前,则设大南门,又向西逆行,到了下林仔转往北方,直到渡船头为止。 後於清乾隆五十三年(西元1788年),台湾知府杨廷理改木栅为土石城垣的五十三年之间,垂沿府城因采木栅围筑而成,故屡有修缮,其中以雍正十一年(西元1733年)、乾隆二十三年(西元1758年)、乾隆四十年(西元1775年)等三次规模较大。到了同治元年(西元1862年)台湾发生大地震,城垣曾倒塌了百数十丈,後经修复。同治十三年(西元1874年)又遭到暴风雨侵龚,致使土石城垣耐不住雨水侵蚀,两坍塌了大约四分之一长左右,幸经台湾道夏献纶督饬台湾府周懋琦抢修,并严督城工,使「新修者可期一律完固」。光绪二十一年(西元1895年),台湾割让日本,日政府藉市区改正之名且拆毁城门与城垣,在明治四十年(西元1907年)拆除大西门及城垣,大正四年拆除大北门、小东门、西门城城垣,大正七年小南门及附近城垣也被拆毁,而逃过劫难得以留存的部分却任其荒废,杂草蔓生,难窥实物。 现今的南门段,则是自大东门城起,经光华街、树林街、到大南门城为止,其中一部分还当做国立台南女中的围墙。 目前的南门段城垣残蹟,呈东西走向,在台南女中围墙的一段,长约八十多公尺,高约四公尺余,是保存较好的一段,外观上很容易辨识出是用三合土以古法砌筑,实为难得。 台湾府城城垣南门段残蹟当时原设计为泥土墙,後来顾虑到府城春夏多雨,才又在外部添加一层三合土以便保护,断面略呈梯形,外墙高5公尺40公分,内墙高5公尺 10公分,两墙高差可形成坡度,以利排水;顶宽4公尺50公分,底宽6公尺,下宽上窄, 可增加稳固性。