北极殿主祀北极玄天上帝,位在府城地势较高处的鹫岭之上,因北方属黑,因此庙宇主体颜色不同於其他庙宇常见的红色,而以黑色为庙宇主体颜色,是北极殿的一大特色,庙内目前拥有全台南市最古老的匾额,是在1689年由明宁靖王朱术桂敬献的「威显赫奕」牌匾。庙内的古钟是清道光17年(1837年),由府城殷商吴尚新(吴园的创办者)远赴大陆姑苏订制送给庙宇的,只可惜已经破损,不然就可以听到如《枫桥夜泊》中「姑苏城外寒山寺,夜半钟声到客船」一样的钟声,历史悠久的北极殿内处处都是宝贝。走出北极殿,庙旁的小巷弄在古地图中被称为柴屐巷,过往巷内聚集许多制作柴屐的商店,现在虽然已看不出当时痕迹,但仍可感受到府城过往主要街道的热闹景象。